《河海大学学报（自然科学版）》创办于1957年，是以水资源开发、利用与保护为重点的综合性学术期刊，主要刊登本校在水资源、水文、水利水电工程、水运工程、海洋及海岸工程、环境科学工程、水力学及河流动力学、水工结构、岩土工程、工程力学等学科方面的最新科研成果、学术论文、学术讨论和研究动态等学术性文章，也发表国内其他高校及研究机构相关学科具有较高学术水平的优秀论文。

《河海大学学报（自然科学版）》是全国中文核心期刊，中国科技核心期刊，中国科学引文数据库(核心库)（CSCD）、中国学术期刊文摘数据库、中国科技论文与引文数据库(CSTPCD)、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）来源期刊，并被荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）和波兰《哥白尼索引》(IC)、美国《数学评论（网络版）》(MathSciNet)等收录。本刊曾荣获“中国期刊方阵‘双效期刊’”、“中国高校精品科技期刊”、“全国水利系统优秀期刊”和 “江苏省优秀期刊”等诸多奖项。