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《南京农业大学学报》为综合性农业学术期刊。主要刊登农业科学、植物保护、园艺科学、动物科学、动物医学、生物技术与工程、资源与环境科学、农业工程等学科具有创新性的研究论文、文献综述、研究简报。本刊的学术质量指标在同类期刊中位居前列，根据2011年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》统计结果，本刊影响因子0.554，总被引频次1347，他引率0.96，基金论文比0.96，学科影响指标1.00；在1998种来源期刊中排第81名。《中国学术期刊影响因子年报》中本刊的影响因子为1.323。本刊为中文核心期刊，被CA、CABI、ZR、 AJ、中国期刊网等国内外20多个重要数据库收录。本刊荣获“第二届国家期刊奖百种重点期刊”，6次荣获“中国百种杰出学术期刊”，3次荣获“江苏省双十佳期刊”，3次荣获“中国高校精品科技期刊”，3次荣获“中国科技论文在线优秀期刊一等奖”，2次入选“中国精品科技期刊”，荣获其他各类奖项30余项。本刊入选《共和国期刊60年》，这是我国第一部全面介绍新中国期刊发展历程和成就的图文书，于2010年12月由中国大百科全书出版社出版。