《蚌埠医学院学报》由安徽省教育厅主管，蚌埠医学院主办，面向国内外征稿和发行的综合性医学术期刊。由学报编辑委员会编辑、学报编辑部出版。学报编辑委员会由46位专家组成，负责审定论文的学术质量，主编祝延教授。

2009年改为月刊，每月15日出版，国际标准A4开本，144页，铜版纸印刷。主要刊登实验医学论文和应用医学论文，旨在活跃学校的学术气氛，扩大学术交流，推动学校科研工作开展，提高学术质量。栏目设有基础医学、临床医学、大学生科技园地、检验医学、影像医学、预防医学、祖国医学、 护理学、技术与方法、综述、个案报道等，其中大学生科技园地（不定期）、检验医学、影像医学为本刊特色栏目。

本学报是中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国学术期刊综合评价数据库（Chinese Academic Journal Comprehensive Evaluation Database, CAJCED）统计源期刊。中国科技论文与引文数据库（Chinese Science and Technology Paper and Citation Database ，CSTPC）、中国期刊全文数据库（Chinese Journal Full-text Database, CJFD）、中国核心期刊（遴选）数据库、中国生物医学光盘数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、中文科技资料目录-医药卫生、中国生物学文献数据库、《中国生物学文摘》和中国医学文摘（十余种）等收录本学报。已进入美国化学文摘(CA)、俄罗斯文摘杂志(AJ)等国际著名检索系统。

本学报在全国高校学报中具有一定影响，曾在全国及全省学报（期刊）评比中多次获奖。1995年，获全国高等院校自然科学学报（B类）优秀学报三等奖；安徽省高等院校优秀学报二等奖；安徽省优秀科技期刊三等奖。1998年，获安徽省优秀科技期刊三等奖。1999年，获安徽省高等院校优秀学报二等奖。1999～2001年，获安徽省优秀科技期刊三等奖。2004年，获全国高校优秀科技期刊（B类）二等奖和安徽省高校优秀学报二等奖。2005年，学报荣获安徽省优秀科技期刊三等奖；学报编辑部荣获“全国高校科技期刊先进集体”称号。2009年，荣获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖，并在安徽省高等学校学报“三优”评比中荣获优秀学报二等奖。2012年，被评为华东地区优秀期刊。