《皖南医学院学报》于1974年3月创刊，原名为《皖南医学》，内部交流。1982年改名为《皖南医学院学报》。1985年2月公开发行，改为季刊。2008年由季刊变更为双月刊。学报为综合性医学期刊，反映学院科研、教学、医疗的新成果和新经验，设有基础医学、临床医学、口腔医学、麻醉医学、影像医学、调查研究、临床护理、短篇报道等主要栏目及中医中西医结合、法医医学、时间生物医学、医学心理学、医学生园地等特色栏目，其中时间生物医学栏目为国内首辟。

《皖南医学院学报》为中国科技核心期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，并被美国化学文摘（CA）、俄罗斯文摘杂志、哥白尼索引、万方数据、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、中文科技期刊数据库等国内外多家权威检索数据库收录。近年来学报还荣获全国高等医（药）学院学报优秀编辑奖，安徽省高校学校学报评比二等奖（2004年、2009年），安徽省优秀学报（2013年）等。稿源丰富稳定，论文质量明显提高，编辑日趋标准规范，已成为国内较有影响的综合性医学期刊之一。