《中国微生态学杂志》创刊于1989年6月，是由中华人民共和国卫生部主管，中华预防医学会和大连医科大学主办的中华预防医学会系列刊物之一。

本刊积极贯彻预防为主的卫生工作方针，坚持理论与实践、科研与开发相结合；加强医学、兽医学、生物学的微生态学学术交流促进学科发展；介绍微生态学科研成果与防治经验，为保障人民健康，发展农业及牧畜业生产提供科学咨询。

2000年被确定为《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊；

2001年荣获《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖；

2001～2002年获中华预防医学会系列杂志优秀出版质量奖；

2003年被确定为《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊；

2003～2004年度获中华预防医学会系列三等奖；

2004年被确定为中国生物学文献数据库收录期刊，中文生物医学期刊数据库收录期刊； 2005-2006年度优秀期刊三等奖；

2006年成为美国《化学文摘》（CA）录入源期刊；

2007年成为“中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）”；俄罗斯《文摘杂志》（AJ of VINITI）录入源期刊、美国《剑桥科学文摘：自然科学》（CSA：NS）录入源期刊、英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）录入源期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）录入源期刊，

2007-2008年度中华预防医学会系列杂志优秀期刊二等奖；

同时，本杂志已与德、荷、日、俄、美等国的单位与个人进行定期交流，引起国际学者的重视。