《中国中医基础医学杂志》创刊于1995年，是经原国家科委批准的学术性期刊，在国家自然科学基金委员会、国家中医药管理局、中国中医研究院的大力支持下，由中国中医研究院基础理论研究所主办。在杂志社全体人员的共同努力下，本刊在全国中医基础理论研究领域形成了一定的影响，成为中国中医研究院基础理论研究所对外树立形象、扩大影响的重要窗口。在导向中医基础医学研究、坚守中医基础理论阵地方面发挥了一定作用。

本刊1995年为季刊；1996年-1997年为双月刊；1998年后变更为月刊。在国内外公开出版发行，兼有海外发行。

主要发表国家自然科学基金、卫生部科研基金、国家中医药管理局科研基金、各省市区及单位的科研基金项目文章，体现理论研究与实验研究相结合；基础研究与临床研究相结合；重点发表具有创新思想的学术论文。本刊在继续以往突出中医特色的特点上，坚持立足中医基础理论，兼顾临床基础研究，理论研究与实验研究相结合，基础研究与应用研究相结合的办刊方向。我刊努力创建出自己的特色，突出在实验研究、临床基础研究、中医文化、中医多学科研究方面的优势。面向全国，兼顾国外。

创刊十几年来本刊对所有来稿均严格审阅、送审，坚持按照编辑工作的流程，实现了“三审三校”。多次主办各种学术会议以及国家级继续教育项目培训。

经历了十年的时间，本刊先后成为中国学术期刊光盘版核心期刊、中文核心期刊医学类核心期刊、中国科学引文数据库扩展库核心期刊、中国生物学核心期刊，为国家中医药管理局直属重点期刊，在国内外中医基础研究方面具有重要的影响。先后成为安徽省、广东省、河北省等省市区指定的晋升高级职称的必发表文章的学术期刊。 现任社长胡镜清，现任名誉主编为王永炎院士，主编孟庆云，执行主编胡镜清，副主编潘桂娟，副主编王昌恩，设有编辑部、广告部、发行部、读者服务部等机构。