《科学与无神论》创刊于1999年。根据中央领导同志1999年5月14日批示，财政部每年向中国无神论学会拨50万元专款用于“开展无神论的研究宣传工作”。其中宣传工作主要是创办学会会刊《科学与无神论》双月刊，作为专门研究和宣传科学无神论思想的理论阵地。本刊现已被收入中文社会科学引文索引（CSSCI）扩展版来源期刊（宗教学类）、中国人文社会科学A刊扩展期刊（马克思主义理论类）、RCCSE核心期刊（宗教学类）等目录。本刊坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉持“宣传科学精神，开展无神论教育，维护公民宗教信仰自由，推动科教兴国战略实施”的办刊宗旨，开辟有习近平新时代中国特色社会主义思想、马克思主义无神论、马克思主义宗教学、思想政治教育、科学精神、中外无神论、宗教治理、邪教问题研究等特色栏目。