《内蒙古农业大学学报》创刊于1957年，是内蒙古高校中创办最早的学报，也是内蒙古创办最早的科技期刊，已有60年的办刊史，前身为《内蒙古畜牧兽医学院院刊》和《内蒙古农牧学院学报》，1999年更名为《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）。

《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）为综合性农业科学类学术期刊（双月刊，国内外公开发行），以贯彻“双百”方针，坚持少数民族地区农业高校的办刊特色，促进学术交流，促进教学、科研和生产的发展，为内蒙古自治区的经济建设和社会发展服务为办刊宗旨 。《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）现设主要栏目有“动物科学与动物医学”、“生态与环境科学”、“生物工程”、“食品工程”、“农业工程”、“林业工程”、“计算机与信息工程”、“基础科学”等。在依托地区特色和学科优势的基础上，面向国内外专家学者进行征稿和组稿，积极推介优秀科研成果。随着融媒体时代的到来，编辑部注重数字化出版的合作与发展，与读者、作者交流的渠道不断拓展，队伍不断扩大，服务不断加强，有效地提升了期刊的学术影响力。现为《中文核心期刊要目总览》核心期刊、中国农业核心期刊、中国高校优秀科技期刊。