《中华胃肠外科杂志》创刊于1998年5月，1999年3月以《中国胃肠外科杂志》命名获得刊号开始公开发行。2000年7月转由中国科协主管（原由卫生部主管）并加入中华医学会系列杂志，2001年3月正式更名为《中华胃肠外科杂志》。现为月刊，大16开本，每期64页，每期定价15元。国内外公开发行，全国各地邮政局订购。邮发代号：国外M4878，国内46-185。刊号：ISSN 1671-0274，CN 44-1530/R。

《中华胃肠外科杂志》目前是国内惟一的胃肠外科专业学术期刊，其办刊宗旨为全面系统地反映国内外胃肠外科领域的学术动态，促进胃肠外科的学科发展和学术交流。本刊以高中级从事普通外科和胃肠外科的专业人员为主要读者对象。设置的栏目有述评、专家笔谈、论著、短篇论著、临床经验、病例报告、术式交流、MDT病例讨论、诊治指南、讲座、综述及医学信息等。

《中华胃肠外科杂志》2000年3月被国家科技部“中国科技论文统计源期刊”收录；2005年3月被美国国立图书馆MEDLINE数据库收录;2008年12月被北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》收录为临床医学类之核心期刊。