《福建农林大学学报（自然科学版）》创办于1953年，原刊名《福建农学院学报》；1994年因学校更名，刊名改为《福建农业大学学报》；2002年再次因学校更名以及《福建农林大学学报（哲学社会科学版）》的创办，刊名改为《《福建农林大学学报（自然科学版）》。2006年之前，刊期为季刊。2006年起刊期改为双月刊，刊号CN35-1255/S、ISSN1671-5470，大16开，每期144页。

《福建农林大学学报（自然科学版）》是综合性农业学术期刊，主要报道农业、林业、生物、环境及相关学科领域的最新研究成果、研究进展。栏目主要有作物科学、植物保护、园艺科学、林业科学、动物科学、资源与环境、食品科学，以及与农业、林业有关的材料工程、机电工程等。刊载的论文基本上都来自省级以上基金资助项目，学术质量较高。主要读者对象为国内外农林业科研机构的科研人员，以及农林业院校和综合性大学中农林相关专业的师生。

《福建农林大学学报（自然科学版）》为“中国科学引文数据库”（CSCD）来源期刊、中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国农林核心期刊（A类）、中科双效期刊、Caj-cd规范获奖期刊，入编《中文核心期刊要目总览》(北大版核心期刊)；同时被日本科学技术振兴机构（JST）数据库、美国EBSCO数据库以及国内的知网、万方、维普、超星、钛学术、长江文库等数据库收录。 此外，多次荣获华东地区优秀期刊、中国高校精品科技期刊、中国高校百佳科技期刊等荣誉。