《福建农林大学学报（自然科学版）》创办于1953年，原刊名《福建农学院学报》；1995年因学校更名，刊名改为《福建农业大学学报》；1997年再次因学校更名以及《福建农林大学学报（哲学社会科学版）》的创办，刊名改为《《福建农林大学学报（自然科学版）》。2006年起刊期改为双月刊，刊号CN35-1255/S、ISSN1671-5470，大16开，每期112页。2006年之前，刊期为季刊。

《福建农林大学学报（自然科学版）》是综合性农业学术期刊，主要报道校内各项课题的研究成果、研究进展，并兼收部分校外优质稿件。刊载的论文主要集中在农业、林业、生物及相关学科领域，栏目设置与学校的学科相对应，主要有作物科学、植物保护、园艺科学、生命科学、林业科学、动物科学、资源与环境、食品科学、材料工程、机电工程、计算机与信息等。刊载的论文基本上都来自省级以上基金资助项目，学术质量较高。为便于国际学术交流，该刊中英文稿兼发。主要读者对象为农业林业科研人员及农林院校师生。

《福建农林大学学报（自然科学版）》为“中国科学引文数据库”来源期刊，从1993年至2005年入编所有年度版的《中文核心期刊要目总览》，属综合性农业科学类中文核心期刊；2001年被国家新闻出版总署遴选为“中国期刊方阵——双效期刊”;2008,2010年连续两届被教育部科技司评为“中国高校精品科技期刊”。