本刊前身为《南京铁道医学院学报》,1960年创刊,1964年停刊,1983年复刊。复刊前学报作为第1卷，复刊后从第2卷起连续出刊，为半年刊。1987年起为季刊，1989年获准公开发行。随着南京铁道医学院与东南大学合并，原刊于2001年9月更名为《东南大学学报(医学版)》，2003年改为双月刊。本刊现由教育部主管、东南大学主办，为综合性医学学术期刊，主要刊登基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学等方面的研究成果及新技术新方法，病例报告以及综述等；并以分子遗传、影像医学、心脏介入、急诊医学为办刊特色。《东南大学学报(医学版)》为中国科技论文统计源期刊，即中国科技核心期刊，多年来，该刊一直被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据资源系统》、《天元数据网》全文收录，同时被《中国药学文摘》、《中国医学文摘》各分册收录。