主要刊登我国菌物学（包括真菌、粘菌、卵菌）研究领域在理论上和实践上的最新研究成果。报道内容包括菌物系统分类学、形态学、分子与细胞水平的进化菌物学、菌物区系地理学、菌物多样性、濒危菌物物种保护生物学以及人类病原真菌、植物病原真菌、兽医真菌、菌物生态学、遗传学、生理学、病理学、生物化学等方面的研究论文、简报和综述。《菌物学报》为中文科技核心期刊、第四届中国精品科技期刊，五次被评为“中国具国际影响力优秀学术期刊”，位列《世界学术期刊影响力指数年报（2019年）》真菌学科Q3区，世界影响因子1.119。

期刊已被国际国内著名重要数据库和检索期刊收录，促进了国内外学术交流，主要包括Index Copernicus；CA (美国“化学文摘”)；Abstracts of Mycology (美国“菌物学文摘”)；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Review of Plant Pathology (英国“植物病理学文摘”)；Bibliography of Systematic Mycology (英国“系统菌物学文献目录”)；Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur(德国“植物保护文献目录”)；中国科技信息研究所数据库（CJCR）；中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCD）；《中国学术期刊文摘》；《中国农业文摘》；《中国生物学文摘》；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》。