《南方医科大学学报》（ISSN 1673-4254，CN44-1627/R）创刊于1981年，为国内外发行的高级综合性医药卫生期刊。现已被美国PubMed、美国化学文摘(CA)、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、中国科学引文数据库(CSCD)源期刊、中国科技论文统计源数据库、中文核心期刊要目总览(2014年版，北京大学图书馆)等国内外重要数据库收录。

《南方医科大学学报》已连续4年蝉联中国科技期刊最高荣誉奖--“百种中国杰出学术期刊”，影响因子已上升至1.654。综合评价得分列全国医药大学学报类期刊第1，广东省所有学科学术期刊第1。据清华大学等单位发布的《中国学术期刊国际引证报告年报》，《南方医科大学学报》是中国国际影响力优秀学术期刊中的TOP5期刊，其学术质量和影响力已高于很多被SCI收录的英文期刊，具有SCI中等期刊的学术影响力。