《西南大学学报》(自然科学版)是中华人民共和国教育部主管、西南大学主办、国内外公开发行的综合性学术期刊，每月底出版，国内统一连续出版物号为：CN 50-1189/N，国际标准连续出版物号为：ISSN 1673-9868。

《西南大学学报》(自然科学版)的前身是《西南农业大学学报》(自然科学版)，创刊于1959年，到2005年，《西南农业大学学报》(自然科学版)已经是CSCD(中国科学引文数据库)核心库期刊、《中文核心期刊要目总览》入选期刊、重庆市一级期刊。

2005年，经国家教育部批准，西南师范大学和西南农业大学合并组建西南大学。2006年，经国家新闻出版总署批准，《西南农业大学学报》(自然科学版)更名为《西南大学学报》（自然科学版）。

经过几年的发展，《西南大学学报》（自然科学版）取得了新的成绩：2008年，荣获“中国高校精品科技期刊”称号；2010年，荣获“重庆市十佳科技期刊”称号；2011年，荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。

西南大学学报（自然科学版）是美国《化学文摘》、《数学评论》、《农业文献题库》，英国《动物学记录》，意大利《农业索引》，《俄罗斯文摘》杂志，中国科学引文数据库，中国学术期刊全文数据库等的来源期刊。