《水生态学杂志》的前身是创刊于1981年的《水库渔业》，1986年更名为《水利渔业》，为以技术普及、推广为目标的出版物。2008年更名为《水生态学杂志》，并改为学术性科技期刊。2008年9月，《水生态学杂志》首期刊出，仍为双月刊，是年出版2期。

《水生态学杂志》系CSCD源刊、中文核心期刊、中国科技核心期刊，中国知网（www.cnki.net）全文收录。由水利部主管、水利部中国科学院水工程生态研究所主办、科学出版社出版。编辑部采用远程稿件处理系统（sstxzz.ihe.ac.cn）。

《水生态学杂志》主要发表与天然和人工水体生态系统及其生态过程相关的各学科的原创性研究成果，特别关注水工程建设的生态学效应及其对策和措施的理论与应用技术研究，是水域生物多样性、水资源、水环境和水生态保护领域的学术论坛。