《上海海洋大学学报》（原《上海水产大学学报》）创刊于1992年，是由上海市教委主管、上海海洋大学主办，以水产科学技术为主的综合性学术期刊。主要刊载水产生物技术、水产养殖、水产营养与饲料、水域环境与保护、渔业资源与管理、远洋渔业、水产品加工技术、海洋物理、海洋工程、海洋信息等学科的论文和综述，促进了学术与教学研究的交流与繁荣。至2019年《上海海洋大学学报》已出版了28卷，期页码为160页。

《上海海洋大学学报》作为文献源被《化学文献》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、日本《CBST 科学技术文献速报》、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《剑桥科学文摘》（CSA）、《中国科学引文数据库（CSCD）》、《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。

2006年，《上海海洋大学学报》荣获教育部科学技术司颁发的“首届中国高校优秀期刊奖”，2013年、2014年连续两年获得教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，2014年荣获教育部科学技术司颁发的“第五届中国高校优秀期刊奖”。