《南方农业学报》秉承“服务农业科学，促进学术交流”的办刊宗旨和“特色、权威、质量”的办刊理念，重点突出我国南方热带、亚热带农业特色，及时报道国内外农业科研、生产的新成果、新技术、新方法、新经验，促进学术交流，指导农业科研与生产。其刊载内容充分反映了我国南方地区农业技术创新和农业科研成果水平，涉及作物遗传育种•种质资源•分子生物学、耕作栽培•生理生化•农业微生物、植物保护•农业气象、土壤肥料•节水灌溉•农业生态环境、园艺•园林•林业、加工•贮藏•质量安全、畜牧•兽医•水产•蚕桑、农业信息技术•农业经济等与农业自然科学交叉领域方面具有创新性、先进性、学术性、应用性的学术论文、研究报告和研究简报等。

目前已入选全国中文核心期刊（2011、2014、2017年版）、同时为中国科技核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、中国核心学术期刊、中国农业核心期刊，并与科学出版社合作出版。此外，还被英国“国际农业与生物科学研究中心（CABI）”（包括CABA、GH、CABI fulltext）数据库、美国《化学文摘》（CA）、美国《斯蒂芬斯全文数据库》（EBSCOhost）、波兰《哥白尼索引》（IC）、英国《动物学记录》（ZR）、英国《食品科技文摘》（FSTA）、美国“乌利希期刊指南”（UPD）、日本《日本科学技术振兴机构数据库》（JST）等国外数据库收录。